Burbank, 2012.

L'agent Walker ayant perdu toute mémoire ; son mari l'agent Bartowski décide de recommencer ses missions, de garder l'Intersect, et de faire retomber l'agent Walker amoureuse de lui. L'agent Grimes s'est installé avec la fille de l'agent Casey, qui quant à lui s'est installé avec sa nouvelle compagne, Gertrude. Le Général Beckman a relancé le projet Intersect, et a donc gardé le Buy-More comme couverture pour la CIA. Jeff Barnes, Lester Patel et Big Mike continuent évidemment à rester travailler dans le magasin dans l'idée de protéger la couverture d'une boutique "normale". Le Général a aussi décidé de recruter dix nouveaux Intersects, afin de continuer le projet qui a si bien marché. Les compétences d'Eleanor Bartowski en tant que neurologue lui a permis d'améliorer le logiciel, suivant les traces de son père, connu sous le nom d'Orion. Ces agents possédant l'Intersect ont été sélectionné parmi l'élite de l'Amérique, ils ont été pris dans les quatre coins du sol américain. Seulement, après les exploits de l'agent Grimes, lors de sa possession de l'Intersect, certains agents ont entendu vent de ce projet top secret. La rumeur court sur la terre entière : un "software" permettrait à n'importe quel humain de déceler les secrets de combats, de toutes sortes d'aptitudes physiques, mais aussi à connaître les secrets gouvernementaux des États-Unis d'Amérique, tout ce qu'ils ont pris grand soin à cacher. La chasse à l'homme a été ouverte.